Raziskovalno delo na Fakulteti za humanistične študije Univerze na Primorskem poteka v okviru Inštituta za medkulturne študije (IMŠ) in Inštituta za arheologijo in dediščino (IAD). Njuna raziskovalna področja sovpadajo s humanističnimi in družboslovnimi področji študijskih programov na fakulteti.

UP FHŠ se kot vodilni partner ali partnerska organizacija vključuje v nacionalne in mednarodne projekte, pri čemer poleg temeljnega raziskovanja neguje tudi aplikativno prispevanje k razvoju družbenega okolja, v katerem deluje. Svoje raziskovalne rezultate sodelavci fakultete objavljajo v domačih in tujih revijah ter založbah.

V sodelovanju z Založbo Univerze na Primorskem izdajamo znanstveno revijo Studia Universitatis Hereditati.